Untuk susunan organisasi, Badan Pangan Nasional terdiri atas Kepala, Sekretariat Utama, Deputi Bidang Ketersediaan dan Stabilisasi Pangan, Deputi Bidang Kerawanan Pangan dan Gizi, dan Deputi Bidang Penganekaragaman Konsumsi dan Keamanan Pangan.
Terdapat tiga menteri yang punya delegasi kewenangan kepada Badan Pangan Nasional, yakni Menteri Perdagangan (Mendag), Menteri Pertanian (Mentan) dan Menteri BUMN.
Mendag punya kuasa atas Badan Pangan Nasional untuk perumusan kebijakan stabilisasi harga dan distribusi pangan, serta perumusan kebijakan dan penetapan kebutuhan ekspor/impor pangan.
Sementara Mentan punya kuasa untuk perumusan kebijakan dan penetapan besaran jumlah cadangan pangan pemerintah yang akan dikelola BUMN pangan, hingga perumusan kebijakan dan penetapan harga pembelian pemerintah dan rafakasi harga.
Sedangkan Menteri BUMN menguasakan kepada Kepala Badan Pangan Nasional untuk memutuskan penugasan Perusahaan Umum Bulog dalam rangka pelaksanaan kebijakan pangan nasional.
Pendanaan untuk Badan Pangan Nasional bersumber dari APBN atau sumber pendanaan lain yang sah dan tidak mengikat sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.
