BSI telah melakukan kerjasama dalam membangun ekosistem masjid dan pesantren di Indonesia di antaranya melalui pembiayaan Pertashop di lingkungan pesantren, kerjasama dengan Dewan Masjid Indonesia terkait QRIS untuk sedekah dan infak di lebih dari 300 ribu masjid serta literasi keuangan syariah dengan pondok pesantren dan universitas.
Dari sisi penguatan ekosistem ZISWAF, BSI berkomitmen untuk menjadi bagian dari kemaslahatan ummat melalui sinergi dengan BAZNAS dan UPZ BSI melalui Laznas Bangun Sejahtera Mitra Ummat.
Pada Maret 2021, BSI bersama Laznas BSMU juga telah menyalurkan bantuan untuk pembangunan Masjid An Nafisah di Pondok Pesantren Cendekia Amanah, Depok sebesar Rp200 juta.
Pada akhir tahun 2021 ini, Laznas BSMU mempunyai program unggulan ini yaitu Infaq Beras untuk Santri. Dana yang terkumpul dalam program ini akan digunakan untuk menyediakan beras berkualitas kepada penghafal atau Tahfidz Al Quran di Rumah Tahfidz Quran di Parung Bogor, Cimahi dan rumah belajar Al Quran di Tangerang. Beras ini berasal dari para petani binaan Desa Berdaya Sejahtera Indonesia (Desa BSI) yang berada di Lampung Tengah.
