Berdasarkan analisis inaRISK, Kabupaten Nunukan memiliki 15 kecamatan yang berpotensi bahaya banjir dengan kategori sedang hingga tinggi. Beberapa kecamatan tersebut merupakan wilayah yang saat ini terdampak banjir, seperti Lumbis, Sembakung Atulai dan Sembakung.
Banjir juga melanda wilayah lain di Pulau Kalimantan. Laporan Pusdalops BNPB menyebutkan banjir terjadi di Kabupaten Kutai Kartanegara, Provinsi Kalimantan Timur, pada Selasa (4/1) pukul 02.00 WITA. Peristiwa itu berlangsung setelah hujan lebat yang disertai kilat dan angin kencang mengguyur Kecamatan Muara Badak.
Sebanyak 3 desa terdampak banjir di kecamatan ini antara lain Desa Muara Badak, Muara Badak Ulu dan Muara Badak Ilir. BPBD mengidentifikasi sebanyak 70 KK terdampak dan warga mengungsi masih dalam pendataan.
Pada Selasa (4/1) malam, genangan di wilayah Desa Badak Ulu mengalami penurunan. Pantauan BPBD setempat tinggi muka air berkisar 30 hingga 100 cm. Sejumlah rumah warga dan fasilitas terdampak, yaitu rumah 70 unit, fasilitas pendidikan 1 unit, kantor 2 unit dan pasar 1 unit.
