Setiap tim akan bertanding tiga kali dalam babak grup 16 besar, yang artinya setiap klub akan bermain sekali melawan klub yang sama di tiap pool.
Dua tim teratas dari masing-masing grup berhak untuk promosi ke Liga 2 musim 2022 dan hanya juara pool saja yang lolos ke semifinal Liga 3 Nasional.
Untuk laga semifinal akan berlangsung pada 26 dan 27 Maret 2022, kemudian selang dua hari adalah babak pamungkas Liga 3 musim 2021/2022. (bam)
