Dengan demikian, setelah kegiatan SO 5 dilakukan, akan terjadi penyesuaian jalur di Stasiun Manggarai yang digunakan untuk melayani penumpang kereta api. Pasca SO 5 nanti, Jalur 1 dan Jalur 2 Stasiun Manggarai hanya akan melayani Kereta Api Jarak Jauh, dan Jalur 3 akan dinonaktifkan. Sementara, untuk KRL Commuterline lintas Bekasi/Cikarang Line akan dilayani di Jalur 6 dan Jalur 7 Stasiun Manggarai. Lintas Bogor Line akan dilayani di Jalur 10, Jalur 11, Jalur 12, dan Jalur 13.
Selain mengubah jalur pelayanan kereta api, pelaksanaan SO 5 juga diikuti dengan penyesuaian Grafik Perjalanan Kereta Api (GAPEKA) KRL Commuterline. Vice President (VP) Corporate Secretary KAI Commuter Anne Purba menyebut, dalam GAPEKA hasil penyesuaian pasca SO 5, pola operasi KRL Commuterline akan mengalami perubahan yang cukup signifikan untuk Bogor Line dan Bekasi/Cikarang Line. Secara umum, perubahan pola operasi KRL Commuterline akan dilakukan dengan mengikuti skema sebagai berikut.
Semua KRL Bogor Line menuju ke Stasiun Jakarta Kota
KRL Bekasi/Cikarang Line menggunakan 2 pola operasi
Full Racket (Looping)
Cikarang/Bekasi – Jatinegara – Manggarai – Kampung Bandan – Pasar Senen – Jatinegara – Bekasi/Cikarang
Cikarang/Bekasi – Jatinegara – Pasar Senen – Kampung Bandan – Manggarai – Jatinegara – Bekasi/Cikarang
Half Racket
Cikarang/Bekasi – Jatinegara – Manggarai – Tanah Abang – Kampung Bandan (PP)
Cikarang/Bekasi – Jatinegara – Manggarai – Tanah Abang – Angke (PP)
Serpong Line, Tangerang Line dan KA Bandara Soetta tidak ada perubahan
