Lingkup pekerjaan meliputi pembangunan intake air baku, jaringan perpipaan transmisi air baku, sistem pengolahan air bersih dan reservoir distribusi. Proyek ini dikerjakan oleh kontraktor PT Amarta Karya dengan nilai kontrak Rp105,05 miliar.
Sumber air berasal dari Sungai Wae Mese dan akan dialirkan ke Reservoir Wae Mata yang berkapasitas 2.000 m3 untuk melayani lima reservoir, yaitu Reservoar Bappeda, Golokoe, Firdaus, Gua Cermin dan DPRD. SPAM Wae Mese II melengkapi SPAM Wae Mese yang sebelumnya telah dibangun dengan kapasitas 40 liter/detik.
Direktur Jenderal Cipta Karya, Diana Kusumastuti, mengatakan, pembangunan SPAM Wae Mese bukan hanya untuk menyediakan air di bangunan yang telah dibangun Kementerian PUPR saja, tapi manfaatnya juga harus dirasakan masyarakat setempat. “Yang harus kita pahami, air di Provinsi NTT ini kan sulit. Maka itu, selain untuk kawasan wisata kita juga bangunkan untuk masyarakat,” ujar Diana.
Di samping menyediakan air bersih, Kementerian PUPR melalui Balai Prasarana Permukiman Wilayah (BPPW) Nusa Tenggara Timur juga membangun fasilitas sanitasi berupa Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL) Labuan Bajo dengan kapasitas 250 m3/hari. IPAL Labuan Bajo dibangun pada TA 2020-2021 dengan anggaran Rp11,3 miliar
