Lapisan kedua dan ketiga adalah lapisan geomembran setebal 2 mm berupa lapisan impermiabel dan geotextile setebal 1,2 cm berupa karpet sintetis berserat kasar yang khusus didatangkan dari Jerman.
Selanjutnya karpet sintetis ini dilapisi batu koral dengan diameter 2 cm tertumpuk rata setinggi 50 cm sebagai bahan penyaring air lindi. Kemudian sampah ditumpuk, diratakan, dan ditimbun tanah pada setiap ketinggian tanah 1–2 meter agar tidak dihinggapi lalat dan juga mencegah terjadinya kebakaran dari gas metan yang dihasilkan sampah.
Terakhir air lindi ditampung dan disalurkan ke kolam penampungan IPL (Instalasi Pengolahan Lindi) dengan sistem pemurnian bertahap dan dilengkapi bak kontrol. Output dari pembangunan TPA ini adalah mengedepankan konsep ramah lingkungan dengan mengurangi aroma tidak sedap dan limbah yang dibuang telah memenuhi standar.
