Pembangunan kawasan terintegrasi Bakauheni Harbour City terbagi dalam tiga tahap. Pada Tahap I periode jangka waktu 2022-2025, terbagi menjadi Tahap IA untuk masa 2022-2025 dengan luas area pengembangan mencapai 41,9 hektare (ha). Pada tahap ini BHC difokuskan pada pembangunan yang menjadi prioritas Proyek Strategis Nasional (PSN) yakni berupa pengembangan fungsi utama pendukung aktivitas pelabuhan yaitu pembangunan theme park, hotel, komersial UMKM, serta politeknik pariwisata.
Kemudian, Tahap IB dalam periode waktu 2026-2030 mencakup areal seluas 22,8 ha. Tahap ini merupakan kelanjutan pengembangan area prioritas PSN dengan fokusnya berupa pengembangan hotel di Distrik 3 dan komersial pendukung.
Untuk Tahap II, periode 2031-2040 seluas 64 ha dengan fokus peningkatan pelayanan Bakauheni Harbour City sebagai kawasan kota mandiri. Pembangunan Tahap II ini dilaksanakan di Distrik 2 dan Distrik 3 dengan tujuan memperluas pelayanan Bakauheni Harbour City sebagai kawasan kota pelabuhan terintegrasi.
