Ada beberapa penelitian yang menyebut, sedimen dasar danau dan biota serta air Danau Kaco yang memiliki unsur kimia tertentu, sehingga bisa memendarkan cahaya saat malam. Secara kimia, struktur molekul air sendiri memberikan warna instrinsik biru pada masa air. Warna ini akan terlihat jelas sebanding dengan peningkatan jumlah masa air. Beberapa kandungan kimia seperti kalsium karbonat dan kaolin juga dapat memancarkan warna biru kehijauan.
Warna biru alami pada masa air inilah yang dapat menjadi indikator kualitas ekosistem dan daerah aliran sungai. Danau dengan warna kebiruan cenderung lebih atrofik dibandingkan dengan warna lain. Danau dengan warna ini merupakan indikator daerah aliran sungai yang masih terawat dan belum banyak ecological foot-print dari manusia yang mempengaruhi kualitas lingkungan di sekitarnya.
