Kementerian Agama membina 25 MAN Insan Cendekia yang secara khusus mendidik anak-anak tingkat SMA untuk fokus pengembangan ilmu sain dan teknologi. Alumni MAN IC sudah menyebar ke berbagai perguruan tinggi favorit di Indonesia dan di luar negeri. Mereka ada yang melanjutkan kuliah di Jepang, Amerika, Malaysia, Turki, Singapura, Inggris, Australia, Hongkong, Rusia, Qatar, Mesir, Korea Selatan dan Jerman.
Kementerian Agama juga membina 11 MAN Program Keagamaan, yaitu: MAN 2 Kota Padang Panjang, MAN 1 Ciamis, MAN 1 Surakarta, MAN 1 Yogyakarta, MAN 1 Jember, MAN 4 Jombang, MAN 2 Mataram, MAN 4 Banjar, MAN 2 Samarinda, MAN 3 Kota Makassar, dan MAN Batam.
Sementara MA Kejuaruan Negeri binaan Kemenag hanya ada dua, yaitu MAKN Ende di NTT dan MAKN Bolaang Mongondow di Sulawesi Utara. (ahmad)
