Sebelum dikeluarkannya Surat Menteri Perhubungan RI Nomor: PR.202/1/18 PHB 2023 tanggal 24 Juli 2023, PT. PTB diduga telah menyesatkan dan mengelabui Kementerian Perhubungan, melalui paparan dan dokumen yang memuat gambaran palsu dengan menyatakan memiliki kapasitas pelayanan Floating Crane, sesuai ketentuan Permenhub. Padahal pada kenyataannya PT PTB tidak memiliki unit alat Floating Crane termaksud. Baru membeli Floating Crane dari Cina setelah berhasil menghimpun uang hasil korupsi pungli dari para pengguna pelayanan jasa kapal dan tarif pelayanan jasa barang di Perairan Muara Berau dan Muara Jawa sebesar USD 300 juta atau setara Rp 5,040 triliun.
Dari hasil korupsi pungli sebesar USD 0,8 per metrik ton yang dipungut PT PTB hanya sekitar 5 persen yang disetorkan ke negara sebagai PNBP. Sisanya sebesar 95 persen dididuga dipakai untuk memperkaya pemilik dan direksi PT PTB. Selain diduga dipakai untuk menyuap oknum penyelenggara negara guna memperlancar proses administrasi dan operasi politik di kementerian terkait.
