Untuk pembayaran uang muka dari PT Pelindo II pada pihak HDHM, RJ Lino diduga menandatangani dokumen pembayaran tanpa tanda tangan persetujuan dari Direktur Keuangan dengan jumlah uang muka yang dibayarkan mencapai 24 juta dolar AS yang dicairkan secara bertahap.
Adapun pengiriman tiga unit QCC ke Cabang Pelabuhan Panjang, Palembang, dan Pontianak dilakukan tanpa “commision test” yang lengkap di mana “commission test” tersebut menjadi syarat wajib sebelum dilakukannya serah terima barang.
Harga kontrak seluruhnya 15.554.000 dolar AS terdiri dari 5.344.000 dolar AS untuk pesawat angkut berlokasi di Pelabuhan Panjang, 4.920.000 dolar AS untuk pesawat angkut berlokasi di Pelabuhan Palembang dan 5.290.000 dolar AS untuk pesawat angkut berlokasi di Pelabuhan Pontianak.
KPK telah memperoleh data dari ahli ITB bahwa Harga Pokok Produksi (HPP) tersebut hanya sebesar 2.996.123 dolar AS untuk QCC Palembang, 3.356.742 dolar AS untuk QCC Panjang, dan 3.314.520 dolar AS untuk QCC Pontianak.
Atas hal tersebut, RJ Lino pun menyinggung soal ahli yang dihadirkan KPK saat praperadilan yang menghitung kerugian negara.