Aksi Indonesia pun dibalas dengan penguatan militer Belanda di Irian Barat, salah satunya dengan pengiriman Kapal Induk Karel Doorman ke perairan Indonesia di wilayah timur.
M. Cholil dalam bukunya Sejarah Operasi-Operasi Pembebasan Irian Barat (1979) mencatat pengiriman kapal induk itu pun menambah ketegangan hubungan diplomatik Indonesia dan Belanda.
Puncaknya, Indonesia pun memutuskan hubungan diplomatik dengan Kerajaan Belanda pada tanggal 17 Agustus 1960.
Konfrontasi Militer
Setelah putusnya hubungan diplomatik itu, Soekarno sebagai Panglima Tertinggi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia kian gencar mempersiapkan pasukan perang dan menyusun operasi militer untuk mengusir imperialisme Belanda di Irian Barat.
Pemerintah Indonesia pada tahun 1961 mengirim sejumlah anak muda dari berbagai daerah di Papua yang pro-NKRI ke Irian Barat.
Langkah itu, menurut M. Cholil, merupakan balasan atas aksi Belanda yang mengusir kelompok masyarakat pro-NKRI serta mendatangkan warga anti-Indonesia ke Irian Barat selama 1950—1960. Selama periode itu, Belanda mengerahkan sekitar 10.000 polisi di Irian Barat untuk menghalang-halangi warga setempat atau masyarakat di pulau sekitar yang pro-NKRI datang ke Irian Barat.
