Sedangkan kewenangan MUI menetapkan kehalalan produk diatur di Pasal 76 Peraturan Pemerintah Nomor 39 Tahun 2021 tentang Pelaksanaan UU Jaminan Produk Halal. Dalam pasal itu disebutkan bahwa penetapan kehalalan produk dilaksanakan oleh MUI melalui sidang fatwa halal. Sidang ini dapat dilakukan oleh MUI pusat, MUI provinsi, MUI kabupaten/kota, atau Majelis Permusyawaratan Ulama Aceh.
Selanjutnya di Pasal 77 dan 78 diterangkan bahwa MUI menyampaikan penetapan kehalalan produk kepada BPJPH paling lama tiga hari sejak hasil pemeriksaan kelengkapan dokumen diterima oleh MUI. Selanjutnya, BPJPH menerbitkan sertifikat halal yang berlaku selama empat tahun. Penerbitan sertifikat halal oleh BPJPH dilakukan dalam jangka waktu paling lama satu hari sejak keputusan penetapan kehalalan produk dari MUI diterima oleh BPJPH.
