Hal ini membuat Stasiun Manggarai menjadi stasiun tersibuk yang melayani lebih dari 20.000 penumpang dan 616 perjalanan KRL setiap hari sebelum pandemi.
Guna mengakomodasi tingginya lalu lintas kereta api dan mengurai bottleneck yang sering terjadi, Stasiun Manggarai kemudian dikembangkan oleh DJKA untuk menjadi stasiun sentral yang akan memiliki 18 jalur aktif saat pengoperasian penuh nanti.
Keseluruhan jalur tersebut akan melayani kereta api (KA) jarak jauh, KRL Jabodetabek, serta KA Bandara sehingga memudahkan masyarakat untuk berganti layanan kereta api dalam satu gedung stasiun.
Nantinya, sebanyak 8 jalur dari 18 jalur tersebut akan terletak pada lantai dasar (at grade) dan 10 jalur layang di lantai 2, sementara lantai 1 difungsikan sebagai concourse. Pada tahap pengembangan akhir nanti, Stasiun Manggarai juga akan dilengkapi 14 lift dan 14 escalator untuk menunjang pergerakan penumpang.
Selain penambahan jalur, di Stasiun Manggarai juga akan ada penambahan luasan tempat terbuka, sebagai tempat bertemua orang yang lalu lalang di stasiun (concourse), dari yang sekarang sudah terbangun.
