Hingga akhirnya pada 8 Januari 2017, Persebaya kembali diakui statusnya sebagai anggota PSSI dan kembali dapat mengikuti kompetisi setelah dicoret dari keanggotaan sejak 2013.
Status keanggotaan Bajol Ijo dipulihkan melalui kongres tahunan PSSI di Hotel Aryaduta, Bandung. Persebaya pun berhak berkompetisi lagi melalui kompetisi tingkat kedua atau divisi utama (sekarang Liga 2, red) karena memperhatikan faktor sejarah klub.
Tahun 2017, Persebaya memulai pembentukan tim dengan mengandeng investor baru. Kala itu, Azrul Ananda masuk membawa gerbong Jawa Pos melalui PT Jawa Pos Sportainment (JPS) mengakuisisi saham PT Persebaya Indonesia sebesar 70 persen. Bersama Koperasi Surya Abadi Persebaya (KSAP) dengan saham 30 persen, JPS menjadi pemilik Persebaya.
Manajemen menunjuk Iwan Setiawan sebagai pelatih. Sempat tertatih-tatih di awal musim Liga 2, manajemen Persebaya akhirnya menunjuk Angel Alfredo Vera untuk melatih pada Mei 2017. Hasilnya, Persebaya lolos penyisihan sebagai juara Grup 5.
Di babak 16 besar Persebaya lolos sebagai runner-up Grup C di bawah Kalteng Putra hingga menjuarai Grup Y di babak 8 besar.
