Namun, danau ini cenderung sedikit dihuni oleh biota air seperti ikan, zooplankton dan fitoplankton. Mengingat kondisi di Danau kaco sendiri banyak ditemukan ikan semah (Tordouronensis), hipotesa lain pun muncul. Secara biologi, fitoplankton dan algae dari golongan chlorophyceae, cyanophyceace juga dapat menghasilkan warna biru kehijauan. Sedangkan beberapa organisme dari golongan diatomae dapat memancarkan kilauan keemasan di malam hari.
Nah, lantas bagaimana dengan kedalamannya? Harus diakui, kejernihan danau ini memang memukau siapa saja yang melihatnya. Apalagi dasar danau ini juga terlihat dari atas permukaannya. Menarik siapa saja untuk berenang dna menyelaminya.
Tapi tunggu dulu. Salah satu hal yang masih menjadi misteri Danau Kaco yaitu kedalamannya. Sebab peneliti, juga masyarakat lokal dan wisatawan asing sudah pernah mencoba untuk mengetahui dasar danau tersebut. Namun cadangan oksigen selalu keburu habis sebelum peneliti mencapai dasar.
Karena cahayanya yang sangat terang, kedalaman danau ini sangat sulit untuk diukur dan ditebak, Hingga saat ini, titik terdalam dari dari Danau Kaco yang berhasil diukur oleh pemandu lokal sekitar 20 meter. Namun demikian hingga kini tak ada yang tau pasti berapa kedalaman Danau Kaco nan indah ini
