Juara dan runner up masing-masing grup berhak lolos ke babak 8 besar. Kemudian untuk babak 8 besar, format kompetisinya masih sama seperti di babak sebelumnya dan berlangsung tanggal 27 Mei sampai 1 Juni 2024.
Usai babak 8 besar, babak semifinal akan berlangsung tanggal 4 Juni 2024 dengan sistem knock out-single match, pemenang pertandingan akan lolos ke final. Laga final akan berlangsung tanggal 7 Juni 2024.
Pembagian grup babak 16 besar Liga 3 putaran Nasional
Grup A:
- Persibo Bojonegoro
- PSM Madiun
- Waanal Brothers FC
- Persikas Subang
Grup B:
- Persiku Kudus
- NZR Sumbersari
- Persekabpas Pasuruan
- PSGC Ciamis
Grup C:
- PCB Persipasi
- Persipani Paniai
- Dejan FC
- Tornado FC Pekanbaru
Grup D:
- 757 Kepri Jaya FC
- Persiba Bantul
- Persikota Tangerang
- Adhyaksa Farmel FC
Daftar tim lolos babak 16 besar:
Grup A:
- Persikota
- Tornado FC
Grup B:
- Persipasi
- Persikas Subang
Grup B:
- Dejan FC
- PSGC Ciamis
Grup C:
- Waanal Brothers
- Persipani
Grup D:
- Persiku Kudus
- Persiba Bantul
Grup E:
- 757 Kepri Jaya FC
- PSM Madiun
Grup F:
- Persibo Bojonegoro
- Adhyaksa Farmel
Grup G:
- Persekabpas Pasuruan
- NZR Sumbersari. (ahmad)
