Dalam upayanya mendukung Tol Laut, pemerintah telah membangun 100 unit kapal untuk mendukung armada Tol Laut dan angkutan perintis di daerah-daerah terpencil. Dari 39 trayek yang telah beroperasi, sebagian besar masih disubsidi oleh pemerintah. Namun, ke depan, seiring dengan peningkatan aktivitas ekonomi di daerah-daerah tersebut, beberapa trayek dapat beralih menjadi angkutan komersial yang mandiri.
“Ilustrasi sederhana, kalau di darat itu seperti Kopaja. Tempat-tempat yang tidak mencapai break even point (BEP), itu disubsidi. Sama halnya dengan Tol Laut, angkutan yang disubsidi ini bisa menjadi angkutan komersil jika volume muatannya sudah memadai,” ucapnya.
Kebijakan ini bertujuan agar subsidi pemerintah dapat dialokasikan lebih efektif, hanya untuk trayek yang benar-benar memerlukan dukungan. Salah satu contoh nyata dari perubahan ini dapat dilihat di Maluku Utara (Malut). Awalnya, trayek di Maluku Utara sepenuhnya disubsidi pemerintah dengan kapasitas angkut 20-40 kontainer. Namun, seiring waktu, trayek ini kini dapat beroperasi mandiri tanpa subsidi. Subsidi yang tadinya dialokasikan untuk Maluku Utara dapat dialihkan ke kota-kota lain yang masih membutuhkan dukungan.
