Keseriusan LPEI dalam penerapan prinsip Tata Kelola Lembaga yang Baik (Good Corporate Governance) tercermin dalam hasil penilaian yang dilakukan oleh Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP), yang meningkat setiap tahunnya. Peningkatan ini merefleksikan komitmen kuat LPEI dalam menjalankan prinsip transparansi, akuntabilitas, dan integritas.
Terkait dengan isu hukum yang tengah berproses di Aparat Penegak Hukum (APH), LPEI menegaskan bahwa penyaluran pembiayaan tersebut terjadi pada periode 2012 dan bukan merupakan kasus baru.
LPEI secara tegas menerapkan kebijakan anti gratifikasi dan penyuapan dalam bentuk apapun kepada seluruh jajaran manajemen dan pegawai. Setiap pegawai dan manajemen baru wajib menandatangani Pakta Integritas sebagai tanda komitmen dalam penegakan proses bisnis yang bersih dan transparan, termasuk dilarang melakukan transaksi yang menimbulkan benturan kepentingan.
LPEI juga secara berkala melakukan pelatihan dan penyuluhan terkait manajemen risiko, kode etik, anti-fraud, gratifikasi dan sebagainya serta menerapkan whistleblowing system (WBS) yang dapat diakses oleh publik melalui website LPEI, KPK, dan Kementerian Keuangan sebagai salah satu upaya menerapkan Tata Kelola Lembaga yang baik.