Kasus korupsi ini terjadi di Balai Desa Dlingo Kecamatan Dlingo Kabupaten Bantul, pada Juni 2007 – Agustus 2007. Lilik selaku Tim Koordinator Ahli Madya Tehknik Sipil Program Rehabilitasi dan Rekonstruksi melakukan korupsi dengan cara melakukan pemotongan Dana Bantuan Program Rehabilitasi dan Rekonstruksi Pasca Gempa Bumi di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta yang bersumber dari APBN.
Akibat perbuatan terpidana mengakibatkan kerugian keuangan negara kurang lebih sebesar Rp 911.250.000. Sayangnya, setelah ada putusan dari MA, terpidana Lilik Karnaen tak kunjung melaksanakan eksekusi, meski sudah dipanggil secara patut ke alamat tempat tinggalnya di Dusun Sono Perumahan Akuntan AK 16 RT 08/61, Desa Sinduadi, Kecamatan Melati, Kabupaten Sleman.
Sehingga ia pun dimasukkan sebagai Daftar Pencarian Orang (DPO) Kejaksaan Tinggi Yogyakarta. “Setelah diamankan, terpidana selanjutnya akan dibawa ke Yogyakarta pada hari ini, dengan menggunakan pesawat untuk dilaksanakan eksekusi oleh Jaksa Eksekutor dari Kejaksaan Negeri Bantul,” jelasnya.
