Situs Batu Jaya pertama kali ditemukan pada 1984 oleh tim Jurusan Arkeologi Fakultas Sastra Universitas Indonesia (FSUI). Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan di situs ini, ditemukan benda-benda purbakala di sekitar gundukan-gundukan tanah di tengah sawah.
Semenjak awal penelitian sampai dengan tahun 2013, telah ditemukan 39 sisa-sisa bangunan purbakala, yang sebagian besar merupakan bagian dari struktur candi.
Gundukan
Dikutip dari citarum.bappenas.go.id, penemuan situs Batu Jaya bermula ketika penduduk lokal menemukan Unur-Unur. Unur-unur, atau dalam bahasa sunda berarti tanah berbentuk gundukan bukit, banyak ditemukan di areal persawahan di daerah ini. Sebelum diketahui bahwa di dalamnya terdapat situs candi kuno, unur-unur yang banyak ditumbuhi tanaman perdu, pohon kelapa, pisang dan semak-semak sering digunakan sebagai tempat menggembala hewan ternak terutama kambing.
Bahkan unur-unur ini juga digunakan sebagai tempat mengungsi saat terjadinya banjir, karena letaknya yang lebih tinggi dibandingkan dengan areal persawahan dan permukiman di sekitarnya. Masyarakat yang tinggal di kawasan tersebut sebelumnya tidak menyadari, bahwa sesungguhnya mereka tinggal cukup dekat dengan situs yang menyimpan kebudayaan peradaban tinggi masa lalu.
