Hingga saat ini belum diketahui, mengapa Situs Candi Batu Jaya ini dapat terkubur lapisan tanah sedalam 60-100 cm dan membentuk unur-unur. Apakah dari faktor alam, seperti misalnya letusan gunung api yang besar, kiriman lumpur banjir Sungai Citarum, akibat perang ataukah karena sebab yang lainnya.
Penemuan benda bersejarah ini didahului dengan penemuan Situs Cibuaya, sebuah situs peninggalan megalitikum di Desa Cibuaya Kecamatan Pedes, yang letaknya tidak jauh dari Kecamatan Pakis Jaya dan Kecamatan Batu Jaya. Masyarakat yang menemukan batu bata berbentuk aneh beserta kumpulan kulit kerang disekitar unur-unur ini, kemudian melaporkan hasil temuannya kepada para peneliti yang sedang melakukan penggalian Arca Wisnu di kawasan Cibuaya. Pada tahun 1984, maka dimulailah penelitian dan penggalian di kawasan Batu Jaya ini.
Unur atau gundukan tanah yang pertama kali diteliti adalah Unur Jiwa. Setelah sedikit demi sedikit lapisan tanahnya tergali, ditemukan tumpukan batu bata yang menyerupai bentuk bangunan candi. Bentuk candi tersebut sudah tidak beraturan, sebagian bangunannya telah hancur. Karena para ahli tidak menemukan jejak catatan mengenai bentuk candi-candi yang ada di kawasan ini, maka pemugaran hanya dilakukan sebatas mengembalikan lagi posisi batu bata sesuai dengan tempatnya.
