Selain itu, Kementerian Agama juga diberi wewenang untuk melakukan assessment terhadap penyelenggaraan pendidikan maupun tenaga-tenaga pendidik untuk menyelenggarakan pendidikan Pondok Pesantren Al Zaytun sesuai dengan Peraturan Perundang-undangan.
Mahfud juga menugaskan Bareskrim untuk memberi jaminan keamanan terhadap siapapun yang akan melakukan proses-proses hukum dan pemeriksaan terhadap lingkungan pesantren. Menko meminta agar warga pesantren jangan panik, karena hak-haknya akan tetap diberikan sepenuhnya dan dilindungi.
“Kalau ada sesuatu yang menyimpang dari pemberian perlindungan atas hak konstitusional ini supaya disuarakan sehingga kami yang di Jakarta bisa mendengar apa itu benar atau tidak. Jadi jangan sampai ada tindakan-tindakan yang melanggar hukum atau melanggar hak konsitusional para santri,” kata dia.
Mantan Ketua Mahkamah Konsitusi ini meminta Bareskrim Polri mempercepat proses pidana umum atau pidana khusus di luar soal penodaan agama seperti yang selama ini berlangsung. Ditegaskan bahwa hal-hal yang perlu diperhatikan oleh Bareskrim Polri adalah laporan-laporan tindak pidana umum atau tindak pidana khusus supaya dipercepat sehingga pararel dengan sekarang yang sedang berjalan, karena kasus ini bukan semata kasus penistaan tetapi juga ada laporan-laporan lain yang bukti-bukti awalnya sudah diserahkan PPATK dan oleh sumber lain dari masyarakat.
