Usai pemerintah Presiden Habibie berakhir di tahun 1999, Agung Laksono kembali masuk ke lembaga legislatif sebagai anggota DPR/MPR periode 1999-2004. Puncak karier Agung Laksono di ‘Senayan’, saat ia dipercaya memimpin DPR sebagai Ketua DPR RI periode 2004-2009.
“Pada pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono periode 2009-2014, Agung Laksono ditunjuk sebagai Menteri Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat (Menko Kesra). Presiden SBY juga pernah mempercayakan Agung Laksono menjadi pelaksana tugas (Plt) Menpora menggantikan Andi Mallarangeng yang tersangkut kasus di Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK). Selain, menjadi Plt Menteri Agama menggantikan Suryadharma Ali yang dijerat KPK terkait kasus suap,” urai Bamsoet.
Wakil Ketua Umum Pemuda Pancasila dan Wakil Ketua Umum FKPPI ini menambahkan, usai duduk di pemerintahan, Agung Laksono kembali fokus ke Partai Golkar. Terjadi dualisme kepemimpinan Partai Golkar saat Munas Golkar tahun 2014.
Agung Laksono terpilih sebagai Ketua Umum Golkar periode 2014-2019 versi Munas Ancol dan Aburizal Bakrie terpilih sebagai Ketua Umum Golkar periode 2014-2019 versi Munas Bali. Perpecahan di kubu Golkar ini bisa terselesaikan melalui Munas Partai Golkar di Bali tahun 2016 yang menetapkan Setya Novanto sebagai Ketua Umum Partai Golkar.
