Indonesia dan Papua Nugini berbagi wilayah perbatasan darat sepanjang kurang lebih 770 kilometer. Di sepanjang garis batas itu, banyak jalur-jalur tikus yang kerap menjadi jalur pelintasan ilegal dan penyelundupan barang-barang ilegal.
Pemerintah Indonesia sejauh ini telah mengoperasikan beberapa Pos Lintas Batas Negara (PLBN), antara lain di PLBN Skouw di Jayapura, PLBN Sota di Merauke, dan PLBN Yetetkun di Boven Digoel.
Tidak hanya itu, di beberapa titik-titik perbatasan terutama yang rawan, TNI juga mengerahkan satuan tugas (satgas) pengamanan perbatasan (pamtas) yang berjaga sepanjang tahun.
Pemerintah RI dan Papua Nugini juga saat ini menjalin kerja sama untuk bersama-sama menjaga dan mengelola perbatasan. Kementerian Luar Negeri RI dalam laman resminya menyebut pemerintah dua negara tiap tahunnya rutin bertemu untuk membahas kerja sama perbatasan dalam forum Border Liaison Officer Meeting (BLOM), Border Liaison Meeting (BLM), Joint Border Committee, dan Joint Ministerial Committee (JMC).