“Sebenarnya Borobudur adalah sebuah “BOOK STONE UNIVERSITY”, kajian filsafat ilmu kehidupan terbahaskan di rangkaian panel-panel dan stupa mulai dari bawah hingga ke puncak,” ungkap Ibnu.
Salah satu kesulitan dalam kajian ini yaitu ketika mengambil kesimpulan dalam identifikasi flora dan fauna, ternyata pemahat sengaja membuatnya bentuk struktur morfologi flora dan fauna baru bisa teridentifikasi jika dilihat dari sudut pandang ke atas, ke bawah dan depan. Semua hasil identifikasi dan cara pandang untuk mengidentifikasinya kesemuanya memiliki makna yang berbeda-beda dan penuh arti.
Selanjutnya dikatakan juga bahwa jenis flora dan fauna disingkapkan di posisi kanan, tengah dan kiri ternyata memberikan makna penting dalam menarasikan cerita. Sebagai contoh kehadiran fauna di setiap panel menunjukkan waktu (pagi, siang, sore, malam) dan lokasi kejadian, serta melambangkan nilai sosial budaya tertentu. Flora, di sisi lain, melambangkan kehidupan manusia dan menggambarkan keanekaragaman tumbuhan yang telah dimanfaatkan oleh masyarakat Jawa Kuno.
