Namun, akar perjalanan panjang ini bermula jauh lebih awal, yaitu pada tahun 1930, saat organisasi ini pertama kali berdiri dengan nama De Schoolraad voor Christelijke Scholen in Nederlandsch-Indië, berdasarkan Keputusan Pemerintah Hindia Belanda No. 37 tanggal 8 Mei 1930.
Organisasi ini didirikan oleh tokoh-tokoh visioner seperti Dr. F.L. Bakker, Ds. W.J. Rumambi, Dr. J.H. Van Beyma, DP Sihvan Boyaka, B. Prawirohatmodjo, G. Van de Hoeven van Genderen, Mr. JMT Gobelaka, hingga W. PHG Hutajulu, yang percaya bahwa pendidikan adalah fondasi masa depan bangsa.
Pada 5 Juni 1950, organisasi berganti nama menjadi Majelis Pusat Pendidikan Kristen (MPPK) dengan pusat di Jakarta, dipimpin oleh Dr. F.L. Bakker, sebagai langkah transformasi penting dalam memperkuat identitas dan visi pendidikan Kristen di tengah dinamika kemerdekaan Indonesia.
Selama 75 tahun, MPK terus tumbuh, beradaptasi, dan melahirkan inovasi dalam dunia pendidikan. Dari Kongres Istimewa di Kota Batu tahun 1970 hingga pergantian nama resmi menjadi Majelis Pendidikan Kristen (MPK) pada tahun 2000, organisasi ini terus menyesuaikan diri untuk menjawab tantangan zaman.
