Juknis yang diterbitkan Ditjen Pendidikan Islam Kementerian Agama mengatur waktu pengajuan pendaftaran keberadaan pesantren dilakukan dalam tiga periode dalam satu tahun berjalan yaitu:
a. Periode Pertama : 1 Januari sampai 28 Februari.
b. Periode Kedua : 1 Mei sampai 30 Juni.
c. Periode Ketiga : 1 September sampai 31 Oktober.
“Pengajuan pendaftaran tidak dapat dilakukan di luar periode waktu yang telah ditentukan,” tegas Amien Suyitno.
Berikut Persyaratan Pendaftaran Keberadaan Pesantren
Tanda Daftar Keberadaan Pesantren dapat diberikan kepada Pesantren yang memenuhi persyaratan:
1. memiliki paling sedikit 15 (lima belas) santri mukim;
2. sekurang-kurangnya menyelenggarakan pesantren dalam fungsi pendidikan;
3. memenuhi unsur pesantren (arkanul ma’had) yang terdiri atas: keberadaan Kiai, Santri Mukim, Pondok atau Asrama Pesantren, Masjid atau Mushalla, serta Kajian Kitab Kuning atau Dirasah Islamiyah dengan Pola Pendidikan Mu’allimin;
4. mengembangkan nilai Islam rahmatan lil’alamin dan berlandaskan Pancasila, Undang-Undang Dasar 1945, Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI), serta Bhinneka Tunggal Ika yang dikembangkan sebagai jiwa pesantren (ruhul ma’had) yang meliputi Jiwa NKRI dan Nasionalisme, Jiwa Keilmuan, Jiwa Keikhlasan, Jiwa Kesederhanaan, Jiwa Ukhuwah, Jiwa Kemandirian, Jiwa Kebebasan, dan Jiwa Keseimbangan;
