Keunggulan tersebut membuat Indonesia semakin percaya diri. Pasukan asuhan Hector Souto tampil cepat dalam melakukan transisi menyerang setiap kali berhasil merebut bola. Namun, Jepang mampu memperkecil ketertinggalan pada menit ke-31 lewat gol Motoishi. Tekanan berlanjut hingga Jepang menyamakan skor menjadi 2-2 melalui tembakan Kazuya Shimizu pada menit ke-35.
Indonesia kembali unggul 3-2 di menit ke-38 lewat gol Firman Adriansyah yang memanfaatkan serangan balik cepat. Drama terjadi jelang waktu normal berakhir setelah Jepang mendapat hadiah penalti akibat handball Mochammad Iqbal Iskandar. Shimizu sukses mengeksekusi penalti tersebut dan memaksa skor imbang 3-3 hingga laga berlanjut ke babak tambahan.
Pada extra time, Indonesia kembali menunjukkan mental juara. Reza Gunawan membawa Garuda unggul 4-3, sebelum Dewa Rizki memperlebar jarak menjadi 5-3 melalui tembakan ke gawang kosong Jepang. Jepang sempat mendapat peluang emas lewat penalti usai Habiebie melakukan pelanggaran di area terlarang. Namun, eksekusi Shimizu melambung jauh di atas mistar setelah Muhammad Nizar Nayaruddin masuk menggantikan Habiebie di bawah mistar.
