Penataan Pura Agung Besakih dilakukan Kementerian PUPR melalui Ditjen Cipta Karya dengan mekanisme rancang dan bangun (design and build) meliputi Area Manik Mas berupa gedung parkir setinggi 4 lantai seluas 55.201 m2 berkapasitas 66 unit bus, 1.369 unit mobil, 18 unit kios besar, dan 12 unit kios kecil. Kemudian penataan Area Bencingah berupa pembangunan kios pedagang sebanyak 358 kios dengan luas total bangunan 7.587 m2 meliputi 196 kios besar (berukuran 4 m x 6 m) dan 162 kios kecil (berukuran 2,5
m x 3 m).
Pelaksanaan fisik penataan dikerjakan selama 540 hari kalender sejak tanggal kontrak oleh PT PP Tbk sebagai kontraktor pelaksana dan PT Ciriajasa Cipta Mandiri selaku manajemen konstruksi dengan biaya APBN sebesar Rp 378,4 miliar.
Gubernur Bali I Wayan Koster mengatakan penataan kawasan Pura Besakih dimulai pembebasan lahan pada tahun 2020 dan dilanjutkan secara bertahap pada 2021-2022 dengan biaya Rp 400 miliar bersumber APBN dan sekitar Rp. 400 miliar bersumber dari anggaran pemerintah daerah, termasuk untuk pembebasan tanah.