2. Membaca Doa Semua Agama
Kontroversi lainnya yaitu, Yaqut pernah menyampaikan agar jajarannya membacakan doa seluruh agama yang diakui di Indonesia dalam setiap acara Kemenag.
Hal itu disampaikannya dalam Rakernas Kemenag tahun 2021 pada 5 April 2021. Menurutnya, semakin banyak doa maka semakin besar pula kemungkinan doa tersebut dikabulkan.
3. Mengucapkan Selamat Hari Raya ke Komunitas Baha’i
Pada Juli 2021, Menag Yaqut lagi-lagi membuat kontroversi dengan memberikan ucapan selamat Hari Raya Naw Ruz 178 EB. ke komunitas Baha’i. Komunitas ini dianggap sebagai salah satu aliran sesat di Indonesia. Namun, Kementerian Agama kemudian membuat pernyataan tambahan yang menyatakan bahwa Baha’iyah merupakan sebuah Agama tersendiri dan tidak terikat pada suatu Agama apapun. Atas dasar hal tersebut, Menag Yaqut pun memberi ucapan Selamat Hari Raya Naw Ruz 178 EB.
4. Kemenag Hadiah Negara untuk NU
Pernyataan tersebut disampaikan Yaqut saat memberikan sambutan di webinar bertajuk “Santri Membangun Negeri dalam Sudut Pandangan Politik, Ekonomi, Budaya, dan Revolusi Teknologi” yang ditayangkan di kanal YouTube TV NU pada 20 Oktober 2021.
