Setelah berhasil jadi juara Asian Games 2018, Jonatan memang kesulitan untuk bisa kembali mencapai babak final pada turnamen Indonesia Masters ataupun Indonesia Open yang juga digelar di Istora. Pencapaian terbaik Jonatan adalah mencapai babak semifinal pada Indonesia Masters 2019.
Selain keberhasilan meraih tiket final dan bakal berlaga pada partai puncak di hadapan penggemar badminton Indonesia di Istora GBK, kegembiraan lain Jonatan berasal dari kesuksesannya mengalahkan Shi Yu Qi.
Dalam pertemuan terakhir di Olimpiade 2020, Jonatan kalah dua gim langsung dari tunggal putra asal China itu di babak 16 besar.
“Hasil ini berarti buat saya pribadi, bisa mengalahkan Shi Yu Qi. Akhirnya bisa revans di Istora, di hadapan teman-teman dan di hadapan badminton lovers,” tutur Jonatan.
Dengan kemenangan di semifinal Indonesia Masters 2023, Jonatan kini unggul 6-4 dalam rekor pertemuan melawan Shi Yu Qi.
Paruh awal gim pertama menjadi momen yang menyulitkan bagi wakil Indonesia. Jonatan masih kesulitan mencari pola yang pas, sementara Shi langsung in dengan kondisi lapangan.
