Di sisi lain, institusi Polri yang saat ini mengemban mandat konstitusional sangat luas, harus bisa memastikan dan menyediakan mekanisme kontrol berlapis bagi para anggotanya. Baik kontrol etik, kinerja, maupun dalam berinteraksi dengan anggota TNI. Kalau kewenangan luas itu tidak dijalankan dengan _prudent_ dan bertanggung jawab, maka potensi konflik dengan TNI, yang di masa lalu memiliki kuasa di segala arena, akan menjadi pemicu konflik berkelanjutan.
Terhadap penyerangan dan perusakan fasilitas di Polres Jeneponto dan sekitarnya, serta di Kota Kupang, SETARA Institute mendesak aparat penegak hukum untuk memproses hukum para pelaku. Pimpinan masing-masing institusi (TNI/Polri) juga harus menjamin tidak ada upaya melindungi pelaku jika berasal dari institusi mereka, serta menindak tegas oknum-oknum aparat yang diduga terlibat. Bukan hanya sekedar teguran, penempatan khusus, atau mutasi. Tetapi juga sampai kepada pemecatan hingga tuntutan pidana.
Jika organ TNI justru menghalangi due process of law, maka sudah seharusnya Presiden Jokowi memimpin penyelesaian hukum yang berkeadilan. Tidak cukup penyerangan dan perusakan fasilitas Polri oleh TNI hanya direspons dengan konferensi pers bersama. Pembiaran atas peristiwa semacam ini akan menimbulkan normalisasi kekerasan (normalizing of violence), yang berarti kekerasan itu dianggap sesuatu yang normal, yang sangat membahayakan. Respons artifisial dan simbolik, tanpa penyelesaian hukum, hanya akan menjadi pemicu demoralisasi anggota Polri dan mengikis legitimisasi kepemimpinan Kapolri.