Lebih jauh, ia mengingatkan bahwa seluruh ilmu pengetahuan, baik sains, teknologi, maupun ekonomi, pada dasarnya merupakan bagian dari ajaran Islam. Dikotomi antara ilmu agama dan ilmu umum, menurutnya, justru menjadi penghambat kemajuan.
Sementara itu, pemikir Islam Haidar Bagir menawarkan fondasi konseptual dalam merumuskan ulang pendidikan Islam, khususnya pesantren. Ia menekankan pentingnya membangun visi pendidikan yang berangkat dari tujuan akhir yakni profil lulusan yang ingin dihasilkan.
Dalam paparannya, Haidar menguraikan bahwa pendidikan harus dirancang secara sistematis melalui rantai logis: visi–misi, profil lulusan, hingga kurikulum. Ia mencontohkan visi pendidikan yang tidak hanya berorientasi pada kecerdasan intelektual dan saintifik, tetapi juga pembentukan manusia beradab.
Lebih jauh, ia memetakan spektrum pendidikan tinggi menjadi empat kategori: pesantren, perguruan tinggi Islam neotradisional, perguruan tinggi Islam berorientasi Barat, dan perguruan tinggi sekuler. Perbedaan di antara keempatnya, kata dia, terletak pada aspek ontologi, epistemologi, dan aksiologi.
