Dalam konteks pesantren, Haidar menegaskan adanya kekhasan yang tidak dimiliki sistem pendidikan modern, yakni:
- integrasi antara rasionalitas dan spiritualitas,
- peran adab sebagai bagian dari epistemologi,
- serta adanya transmisi ilmu non-formal, termasuk melalui relasi kiai dan santri.
“Distingsi ini harus dirumuskan secara jelas agar pesantren tidak kehilangan jati dirinya dalam arus modernisasi,” ujarnya.
Pandangan lebih kritis disampaikan oleh Amin Abdullah yang menyoroti adanya kegelisahan mendalam dalam tubuh pendidikan Islam saat ini. Ia menilai, sistem pendidikan masih terjebak dalam dikotomi antara ilmu agama dan ilmu umum, yang berdampak pada stagnasi intelektual.
Menurut Amin, reformasi visi dan misi harus bergerak menuju pendekatan integratif dengan menghubungkan berbagai disiplin ilmu secara multidisipliner, interdisipliner, hingga transdisipliner. Ia juga mengkritik lemahnya dimensi spiritualitas dalam pendidikan tinggi Islam, terutama dalam pengembangan tradisi tasawuf.
